1960-cı ildə institutu bitirərək Borçalıya qayıdıb və Darvaz kənd ambulatoriyasında və Kveşi kənd xəstəxanasında həkim-terapevt kimi fəaliyyət göstərib.
Şamil Əliyev 1963-1965-ci illərdə Tbilisi şəhərindəki 1 saylı xəstəxanada çalışıb. 1965-ci ildən Dmanisi rayon mərkəzi xəstəxanasında çalışıb.
50 ildən çox həkimlik stajına malik olan Şamil Əliyev uzun müddət Dmanisi rayon xəstəxanasında terapiya şöbəsinə rəhbərlik edərək şəfalı əlləri ilə minlərlə ailəyə sevinc bəxş edərək Borçalıda ad-san, böyük hörmət qazanıb, medallar və Fəxri fərmanlarla təltif olunub, “Ali kateqoriyalı həkim” və “Səhiyyə əlaçısı” adlarına layiq görülüb.
Şamil Əliyev həkimliklə yanaşı, rayonun ictimai həyatında da yaxından iştirak edir, dəfələrlə rayon sovetinin deputatı seçilib, son vaxtlar isə Dmanisi Sakrebulosu (bələdiyyənin) sədrinin müavini seçilib.