1968-ci ildə təyinatla Xaçmaz rayon xəstəxanasında, sonra isə Sumqayıt şəhər xəstəxanasında həkim kimi fəaliyyət göstərib.
1970-ci illərdə Bakı şəhər Təcili Tibbi Yardım stansiyasında həkim kimi çalışıb. 1970-ci illərin axırlarında Tibb institutunun histologiya kafedrasında assistent, sonra isə baş müəllim işləyib. Həmin ildə bu kafedrada disertant kimi elmi işlə mə.ğul olub və 1990-cı ildə dissertasiya işini uğurla müdafiə edərək tibb elmləri namizədi elmi dərəcəsi alıb.
Ənvər Şabanovun elmi və pedaqoji fəaliyyəti 20 elmi əsərdə və 1 metodik göstərişdə öz əksini tapıb. О, bu müddət ərzində 5 ittifaq və respublika səviyyəli konfranslarda çıxış edib, elmi məqalələr çap etdirib.
1995-2005-ci illərdə Azərbaycan Dövlət Tibb Universitetinin histologiya kafedrasının dosenti kimi elmi-peaqoji fəaliyyətlə məşğul olub.
Ənvər Şabanov 2005-ci il iyunun 30-da Bakı şəhərində vəfat edib.